Функции защиты кондиционеров от неправильной эксплуатации и внешних условий существенно отличаются. В дешевых кондиционерах системы защиты фактически отсутствуют. Системы защиты включают функции рестарта, контроля за состоянием фильтров и контроля утечки фреона. Контроль чистоты фильтров осуществляется при помощи индикатора, а контроль утечки фреона необходим для предотвращения перегрева компрессора.